1999年,京客隆和北京朝阳副食品批发总公司合并后,当时的京客隆副总经理高京生亲自挂帅推进信息化项目,上了一套商业信息管理系统(MIS),主要是对配送中心流程进行规范化。2001年,由于连锁店越开越多,京客隆配送中心的压力也越来越大,原有的MIS系统中虽然有仓储管理的模块,但功能已经不足以支撑业务需求,于是,公司又引入了一套专业的物流系统(WMS)。2002年,“电子商务”的概念被炒得火热,京客隆当年也进行了B to B方面的开发,至今仍在使用。京客隆对每个商品都设定了安全库存量,如果现有库存低于安全库存,系统就自动生成订单,并把这些信息发到网站上,供应商通过定期登陆京客隆的网站,下载订单进行发货。实际上,这在当时已经形成了一个供应链系统。在2004年到2005年期间,京客隆以MIS系统为核心,将结算系统独立出来。到账期之后,系统会自动把结算的单据发到网站上,厂家可以自行在京客隆网站下载结算信息进行对账处理,保证了结算的及时性,形成了无障碍结算。